آیت الله شاهآبادی در قم آستین همت بالا زد تا علوم عقلی، عرفان و اخلاق را که در آن زمان به دلیل کجفهمیها و قشریگریها منزوی شده بود، احیا کند.
در عصری که معنویت به نمایش و عرفان به ظواهر سطحی تنزل یافته، یاد آیتالله سید علی قاضی طباطبایی، گوهری ناب از سنت اخلاقی حوزه نجف، راهگشای فهمی عمیق از سلوک حقیقی است. سلوکی که در تهذیب نفس، عبادت خالصانه و خدمت بیمنت تنفس میکند.
مکتب فلسفی ملاصدرا که «حکمت متعالیه» نام دارد بر اصل «اصالت وجود» استوار است. از دیگر نظریات مهم او «حرکت جوهری» است که بر اساس آن، همهٔ موجودات در ذات خود در حال حرکت و تغییر هستند.