مهمترین و برجستهترین اقدام آیت الله حائری، تأسیس و احیای حوزه قم بود. در سال ۱۳۰۱ شمسی، ایشان به دعوت علما و مردم قم، به این شهر مهاجرت کرده و با تدبیر و تلاش فراوان، حوزه را احیا کرد.