سید علی قاضی در ۸ بهمن ۱۳۲۵ خورشیدی در سن ۷۷ سالگی درگذشت و در قبرستان وادی السلام نجف، نزد پدر خود، به خاک سپرده شد.
در میان تعلیمات مرحوم آیت الله العظمی سید علی قاضی به مواردی برمی خوریم که گویای احاطه بسیار ایشان بر آیات و روایات و نیز تعبد آن حکیم فرزانه و تمسک شدید آن عارف یگانه به ریسمان محکم قرآن و عترت می باشد.
روش مرحوم آقای قاضی این بود که هر کس به ایشان وارد میشد جلوی او -هر کس که بود- بلند میشد و به بعضی هم جای مخصوصی را تعارف میکرد که بنشینند، ولی وقتی امام وارد شدند آقای قاضی جلوی امام بلند نشدند و هیچ هم به ایشان تعارف نکردند که جایی بنشینند.
حجت الاسلام سیدعباس موسوی مطلق، در کنار مزار آیتالله سید علی آقای قاضی طباطبایی، روایتی از زندگی ، شخصیت و سفارش ویژه این عارف بزرگ بیان کرده است.
گفته میشود هیچ یک از احادیثی که پیرامون رویداد حدیث کسا رسیده است، آن را به طور کامل بیان نکردهاند.