آیتالله محفوظی در کنار تحصیل و تدریس، هیچگاه از مبارزه بر ضد رژیم پهلوی باز نماند و ضمن شرکت در جلسات جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، زیر بسیاری از اعلامیههای افشاگرانه آن مرکز را امضا کرد.