سفر حضرت مهدی(عج) به تمام نقاطی که ذوالقرنین به آنها سفر کرده بود، غیبت طولانی هر دو، مالک شدن هر دو بر کل سرزمین، یاری خضر نبی(ع) برای هر دو و اقبال عمومی مردم دنیا به ذوالقرنین و امام زمان(عج) از جنبههای مشابهت حضرت مهدی(عج) و ذوالقرنین است.
شیخ نخودکی در وصیت خود به فرزندش میگوید: اگر آدمی چهل روز به ریاضت و عبادت بپردازد، ولی یک بار نماز صبح از او فوت شود، نتیجه آن چهل روز عبادت بیارزش خواهد شد.