معلوم نشد او را کجا دفن کردهاند، گمان میشود مزارش در قبری بدون نام در گورستان مسگرآباد باشد. اما موقع بازسازی زندان قصر، سلولی را دیدند که بر دیوارهایش اشعار فرخی یزدی نوشته شده بود.