مجموعه کتابهای نفیس حسین هوتن، شامل شامل ۲۹ جلد نسخه خطی، ۳۲ جلد کتاب چاپ سنگی و ۹۰۰ جلد کتاب چاپی به کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد دانشگاه تهران اهدا شد.
مادر ناصرالدین شاه ۳۵ جلد کتاب خطی و نفیس وقف کتابخانه مسجد توحید کرده بود که دیگر نشانی از آن کتابخانه و کتابهای نفیس آن باقی نمانده و به نظر میرسد در دوران بازسازی دوم مسجد از بین رفته باشد.