برخی از منتقدان غربی، جهنم و عذاب اخروی را ناسازگار با حکمت، عدالت و رحمت الهی تلقی کرده و حتی بعضی در صحت استناد عذاب اخروی به پیامبران، تردید کرده اند. مانند راسل که می گوید: «فکر می کنم این عقیده که آتش جهنم، یک نوع مجازات برای گناهکاران است عقیده ای ظالمانه باشد...». اما دانشمندان اسلام در پاسخ به عدم تنافی عذاب با عدل الهی می گویند: کیفر مقتضی عدل و ضامن اجرای تکلیف است. از سویی عقاب، لطف الهی است زیرا موجب پالایش نفس از آلودگی، اطاعت و تقرب الهی می شود. از این رو عقاب لطف الهی است.
برجستهترین ویژگی عصر ظهور، شکوفایی خیرهکننده علم و دانش است. روایات در این زمینه بسیار گویا و روشنگر هستند: (علم و دانش بیست و هفت حرف است و تمام آنچه پیامبران آوردند تنها دو حرف آن است و مردم تاکنون جز آن دو حرف را نمیشناسند. هنگامی که قائم ما قیام کند، بیست و پنج حرف دیگر را بیرون آورده و در میان مردم منتشر میسازد و آن دو حرف را نیز به آنها ضمیمه میکند تا اینکه تمام بیست و هفت حرف را منتشر سازد) .
حتی در عصری که علم توانسته اسرار ژنها، کهکشانها و رازهای عمیق ذهن انسان را کشف کند، باز هم پرسشی پایدار باقی است: چرا با همه این دانش و تکنولوژی، دل انسان همچنان به چیزی فراتر از علم محتاج است؟
پرسینگر دستگاه ساخت که تجربه های دینی را مبتنی بر هم بسته های عصبی خاص در مغز انسان ایجاد می کرد، این آزمایش بعدها در مجامع علمی تائید نشده و نیز ردی بر بی اعتباری تجربههای دینی نبود.
مطابق آیات قرآن، آفرینش خدا نقص ذاتی ندارد. اگر با مواردی از بلایای روبهرو میشویم، زیانباری اینها از اقدامات خواسته یا ناخواسته انسانی ناشی میشوند.
در آزمایشهای EEG مشخص شده است که هنگام دعا، امواج آلفا در مغز افزایش مییابد؛ امواجی که با آرامش ذهن و خلاقیت در ارتباط هستند.
آغاز آفرینش انسان و جایگاه حضرت آدم(ع) در تاریخ بشر، موضوعی است که در قرآن، روایات و علم مورد بحث قرار گرفته است. شواهد متنوع نشان میدهد پیش از آدم، نسلهایی از انساننماها روی زمین زندگی کردهاند.
تمثیل خدای ساعتساز با این اشکال روبرو است که معلول را مستقل از علت تصویر میکند، درحالیکه رابطه علیت، وابستگی دائمی معلول به علت را در پیدایش و بقا میطلبد.
علامه جعفری در بخشی از سخنان خود به نقد دیدگاهی میپردازد که قائل به “حذف دین از دنیا” است.
آتئیستهای جدید، برای این که دین را از صحنه زندگی بشر خارج کنند ادعای تعارض میان علم و دین را دامن میزنند.